1861年11月2日(咸丰十一年九月三十日)，两宫太后与恭亲王奕䜣等联合发动了“辛酉政变”，肃顺等赞襄政务八大臣，或被杀头，或被赐自尽，或被发往军台效力，或被革职。两宫太后得以垂帘听政，掌握了清廷的最高权力;恭亲王奕䜣授命为议政王，在军机处行走，补授宗人府宗令和总管内务府大臣等，旋又授以亲王世袭罔替;其他官员亦多根据其功绩大小分别予以擢升，如原鸿胪寺少卿、军机章京曹毓英，因不断向北京的恭亲王奕䜣等通报热河的政局变化，立有大功，被擢升为军机大臣。那位抢先上奏折，要求两宫太后权理朝政，并请简用恭亲王奕䜣参预最高权力，“辅弼一切事务”，为两宫太后和恭亲王奕䜣夺取最高权力立下汗马头功的董元醇，于辛酉政变前被以“莠言乱政”之罪，发往军台效力。但尚未及起行，即已发生了政变，故此，董元醇逃过发遣一劫。

　　辛酉政变后，董元醇从从五品的监察御史，迁升为正五品的工科给事中。辛酉政变后的第七天，即11月9日，工科给事中董元醇曾以“现闻仓场侍郎”德全、廉兆纶等人，不但未“将运米迟延之车户头役邢文富治罪”，未将其人本年已领款项“勒令赔办”，反而“又发给银八百两”，预支了明年应领款项等事，奏请清廷予以查办。

　　此事，以清廷“著德全、廉兆纶迅速明白回奏”，及德全等人以所发银两，为“发给大通桥车户银两”，并非发给邢文富的明年预支款项而了事。11月28日，以礼亲王世铎为首的王、大臣、大学士、六部、九卿等文武官员共计200余人，联合上陈《遵旨会议皇太后亲理大政事宜折》，并附议定的太后垂帘章程11条。董元醇虽然亦列名其内，但仅仅是徒壮声势循例的列名而已，可以说有他不多，无他不少，不具有任何一点特殊的政治意义。

　　1862年1月9日，董元醇似乎是为了能够再次引起最高统治者的关注，以工科给事中的名义上陈了《辅翼圣学宜重德行而轻才华折》。该折之始，即不无表功之嫌地说，“前八月内，臣敬陈管见一折(即其1861年9月10日所上《奏请皇太后权理朝政并另简亲王辅政折》)，仰荷皇太后、皇上明断施行，现在权奸既诛，朝廷肃清，中外臣民，无不称快，此皆皇太后之明，皇上之福也”。但是，臣在前一奏折中，曾请求于朝廷大臣中为皇帝简选师傅一事，“至今未见简派有人”，而“明春皇上即宜兴学读书，不容再缓”。于此，臣本“不敢妄参末议”，但是，“人臣事君，苟有益于国家者，当知无不言”。董元醇在奏折中提出为小皇帝载淳简选师傅的原则，应该是“以德行质朴为先，而才华之士，无足取也”。

　　为此，他竟然不避“妄参末议”的僭越之嫌，举荐左都御史倭仁、大学士祁雋藻、翁心存，吏部尚书许乃普等人，可为帝师之选。但是，董元醇此奏，并未见清廷有何反应。大约于1862年6月(同治元年五月)以后，董元醇改名董元章。盛康编辑《皇朝经世文续编》收录董元醇的《敬陈从权守经疏》时，亦将其名改为董元章。至于其因何原因改名，我们不得而知。